เพื่อที่จะให้โปรแกรมตรวจจับไวรัสสามารถเฝ้าดูการทำงานของเครื่องได้ตลอดเวลานั้น จึงได้มีโปรแกรม ตรวจจับไวรัสที่ถูกสร้างขึ้นมาเป็นโปรแกรมแบบเรซิเดนท์หรือ ดีไวซ์ไดรเวอร์ โดยเทคนิคของการเฝ้าดูนั้นอาจใช้วิธีการสแกนหรือตรวจการเปลี่ยนแปลง หรือสองแบบรวมกันก็ได้ การทำงานโดยทั่วไป ก็คือ เมื่อซอฟแวร์ตรวจจับไวรัสที่ใช้วิธีนี้ถูกเรียกขึ้นมาทำงานก็จะเข้าไปตรวจใน หน่วยความจำของเครื่องก่อนว่ามีไวรัสติดอยู่หรือไม่โดยใช้ไวรัสซิกเนเจอร์ ที่มีอยู่ในฐานข้อมูล จากนั้นจึงค่อยนำตัวเองเข้าไปฝังอยู่ในหน่วยความจำ และต่อไปถ้ามีการเรียกโปรแกรมใดขึ้นมาใช้งาน โปรแกรมเฝ้าดูนี้ก็จะเข้าไปตรวจโปรแกรมนั้นก่อนโดยใช้เทคนิคการสแกนหรือตรวจ การเปลี่ยนแปลงเพื่อหาไวรัส ถ้าไม่มีปัญหาก็จะอนุญาตให้โปรแกรมนั้นขึ้นมาทำงานได้ นอกจากนี้โปรแกรมตรวจจับไวรัสบางตัวยังสามารถตรวจสอบขณะที่มีการคัดลอกไฟล์ ได้อีกด้วย
ข้อดีของ วิธีนี้ คือ เมื่อมีการเรียกโปรแกรมใดขึ้นมา โปรแกรมนั้นจะถูกตรวจสอบก่อนทุกครั้งโดยอัตโนมัติ ซึ่งถ้าเป็นการใช้สแกนเนอร์จะสามารถทราบได้ว่าโปรแกรมใดติดไวรัสอยู่ ก็ต่อ เมื่อทำการเรียกสแกนเนอร์นั้นขึ้นมาทำงานก่อนเท่านั้น
ข้อเสียของ โปรแกรมตรวจจับไวรัสแบบเฝ้าดูก็คือ จะมีเวลาที่เสียไปสำหรับการตรวจหาไวรัสก่อนทุกครั้ง และเนื่องจากเป็นโปรแกรมแบบเรซิเดนท์หรือดีไวซ์ไดรเวอร์ จึงจำเป็นจะต้องใช้หน่วยความจำส่วนหนึ่งของเครื่องตลอดเวลาเพื่อทำงาน ทำให้หน่วยความจำในเครื่องเหลือน้อยลง และเช่นเดียวกับสแกนเนอร์ ก็คือ จำเป็นจะต้องมีการปรับปรุงฐานข้อมูลของไวรัสซิกเนเจอร์ให้ทันสมัยอยู่เสมอ